Claude C. Kenny, un joven oficial de la Federación Pangaláctica, es enviado a investigar una misteriosa cúpula descubierta en el Planeta Milokeenia por orden de Ronyx, su padre y oficial al mando.
Allí descubre un mecanismo de aspecto desconocido. Con la esperanza de demostrar su valentía, ignora las objeciones de Ronyx y lo toca, solo para desaparecer en un destello cegador.
Más tarde, Claude se despierta rodeado de un frondoso bosque y se da cuenta de que ha sido transportado a un lugar muy lejano.
Claude intenta ponerse en contacto con Ronyx, pero no lo consigue. Explora la zona y descubre a un monstruo que está a punto de atacar a una niña.
Claude se lanza al ataque y dispara con la pistola de Fase que le regaló su padre.
Al ver que Claude la rescata con esta fuerza brillante y letal, la niñaRena Lanfor, lo confunde con una figura de los mitos de su tierra natal, un héroe que porta una espada de la Luz.
Para agradecérselo, Rena lleva a Claude al pueblo de Arlia, con la esperanza de que sea él quién salve a toda la nación…
STAR OCEAN THE SECOND STORY R, un remake en 2.5D del RPG de 1998 y segunda entrega de la serie STAR OCEAN, combina hermosos entornos en 3D con nostálgicos personajes en píxeles 2D, ofreciendo a los usuarios tanto un RPG clásico como una experiencia de juego moderna. Una banda Sonora renovada, nuevos niveles de dificultad, numerosas mejoras en la calidad de vida y mucho más revitalizan las características más queridas del juego original, como el combate en tiempo real de ritmo rápido, el profundo sistema de habilidades y las Acciones Privadas, que permiten a los usuarios entablar relaciones con los miembros del grupo y desbloquear muchos finales diferentes.