El juego sigue la base de los juegos de la franquicia pero le añade una nueva capa a cada uno de sus apartados. El mundo es exageradamente grande. En primera instancia Concordia estaba unida por el poder del Conectárbol pero por una serie de eventos se separó en diversas islas. Nosotros nos ponemos en la piel de Mario y de Luigi, que tendrán que visitar las distintas islas y desentrañar sus misterios. Es de agradecer que las islas sean tan variadas entre sí, con desarrollo, mecánicas, escenario y jefes distintos. Nuestro objetivo será conectar las distintas islas para que el continente vuelva a la normalidad.